Genomic signals of adaptation to a natural CO2 gradient over a striking microgeographic scale
2024. González-Delgado, S., Pérez-Portela, R., Ortega-Martínez, O., Alfonso, B.. Pereyra, R. T. and Hernández, J.C. Genomic signals of adaptation to a natural CO2 gradient over a striking microgeographic scale. Mar. Pollut. Bull. 209, (117225)
Nuestro estudio explora signos genómicos de adaptación en A. lixula a diferentes condiciones de pH del agua. Para lograrlo, analizamos la variación genómica de individuos de A. lixula que habitan a lo largo de un gradiente natural de pH en las Islas Canarias, España. Utilizamos un protocolo 2b-RADseq con 74 muestras de sitios con diferentes niveles de pH (de 7,3 a 7,9 durante la marea baja), incluyendo un sitio de control. Identificamos 14.883 SNP, de los cuales 432 fueron detectados como candidatos a estar bajo selección debido a variaciones en el pH mediante un análisis de redundancia. Aunque todos los SNP mostraron homogeneidad genómica, los 432 SNP candidatos bajo selección revelaron diferencias genómicas entre sitios y a lo largo del gradiente de pH. De estos 432 loci, 17 fueron anotados utilizando transcriptomas publicados de A. lixula y están involucrados en funciones biológicas como el crecimiento. Por lo tanto, nuestros hallazgos sugieren una adaptación local en las poblaciones de A. lixula a la acidificación en respiraderos de CO₂, incluso en distancias cortas de 75 m, lo que destaca su potencial resistencia a la futura acidificación oceánica.
English
Our study explores genomic signs of adaptation in A. lixula to different water pH conditions. To achieve this, we analysed the genomics variation of A. lixula individuals living across a natural pH gradient in Canary Islands, Spain. We use a 2b-RADseq protocol with 74 samples from sites with varying pH levels (from 7.3 to 7.9 during low tide) and included a control site. We identified 14,883 SNPs, with 432 identified as candidate SNPs under selection to pH variations through redundancy analysis. While all SNPs indicated genomic homogeneity, the 432 candidate SNPs under selection displayed genomic differences among sites and along the pH gradient. Out of these 432 loci, 17 were annotated using published A. lixula transcriptomes, involved in biological functions such as growth. Therefore, our findings suggest local adaptation in A. lixula populations to acidification in CO2 vents, even over short distances of 75 m, underscoring their potential resistance to future Ocean Acidification.